Bora-Bora fait partie d'un ensemble d'îles volcaniques liées à l'activité d'un point chaud. Il s'agit ici d'un volcan éteint, qui fut actif au Pliocène supérieur (entre 3,45 et 3,10 millions d'années), puis qui a subi un affaissement au moins partiel et une forte érosion sous un climat tropical chaud et humide. La baie de Tuuraapuo fut le cratère principal du volcan, dont la bordure sud-ouest, affaissée, ne subsiste plus qu'au niveau des îlots Toopua et Toopua-iti, qui culminent respectivement à 148 m et 17 m. Les roches volcaniques sont de type basaltiques (essentiellement des basaltes alcalins et quelques hawaiites, ainsi que quelques intrusions de gabbro, surtout au niveau de l'îlot Toopua). Elles proviennent très majoritairement de coulées, les épisodes explosifs ayant été très rares