L'île portait autrefois le nom de Vavau. Elle fut découverte par le navigateur Roggeveen en 1722 ; Cook y débarqua en 1769 et la nomma Bora Bora (en fait Pora Pora), nom qui signifie peut-être "Né en premier", allusion au fait que le dieu Taaroa l'aurait créée immédiatement après Raiatea. L'histoire de Bora Bora est marquée par les guerres entre les différents clans de l'île ou contre les îles voisines. En 1820, les missionnaires protestants débarquent sur l'île et le premier temple est ouvert en 1822. C'est en 1888 que Bora Bora et toutes îles sous le Vent furent annexées par la France. Autre fait important de l'histoire contemporaine de Bora Bora, la présence entre 1942 et 1946 des troupes américaines dans le cadre de l'opération Bobcat a laissé sur l'île de nombreux vestiges comme des batteries anti-aérienne, des blockhaus, mais surtout la piste d'atterrissage qui fut longtemps la plus longue de Polynésie.

Selon les traditions orales, la création de Bora-Bora, alors nommée Vavau, est liée à une grande pierre taillée en forme de tortue, nommée Ofa’i-Honu, et encore visible aujourd’hui sur l’île. Selon les légendes recueilles par Kenneth Emory, cette pierre tortue serait l’ancêtre mythique de l’île et de ses chefs4.

Toujours selon l'histoire orale, le premier grand guerrier connu de Bora-Bora est Firiamata-o-Vavau. Ce serait à sa naissance qu’aurait été construit le célèbre marae de Vaiotaha5. Firiamata-o-Vavau épousa la princesse héritière de Havai'i (Raiatea), Tetuamatatini i Vaeara'i. Ainsi, dès les origines, les deux dynasties de Raiatea et de Bora-Bora s'unirent par les liens du mariage ; elles devaient continuer à régner sur ces îles et plus tard sur Tahiti. Grand navigateur, Firiamata-o-Vavau s'allia également avec d'autres îles polynésiennes : Rarotonga aux îles Cook, la Nouvelle-Zélande et Nukualofa aux îles Tonga. Par ailleurs, Firiamata-o-Vavau serait également l'ancêtre du puissant clan Teva à Tahiti, puisque la famille Teva aurait été créée par l'union d'un fils de Firiamata-o-Vavau et d'une femme de Papeari.

Tandis qu'à Tahiti, la fin du xviiie siècle et le début du xixe sont marqués par les visées missionnaires et coloniales de la France et de l'Angleterre, Bora-Bora restera pendant longtemps relativement préservée des luttes de pouvoir des deux puissances européennes. Leur influence se fait cependant sentir, notamment au travers de l'évangélisation de l'île.

Dans les années 1810, le chef Mai et 262 guerriers se joignent à Pomare II dans sa lutte contre le clan Teva. En 1815, la bataille de Fe’i Pi à Punaauia(sur l'île de Tahiti) marque la victoire du parti protestant (Pomare II s’étant converti en 1812) contre le parti traditionaliste. Le christianisme devient ainsi la religion des vainqueurs7, et à leur retour à Bora Bora en 1816, les guerriers partagent leur connaissance de cette nouvelle religion avec le reste de la population. Le succès est tel qu’en 1818, les habitants réclament aux missionnaires de Moorea et de Huahine des livres et des pasteurs pour l’ile. Le révérend Orsmond y vient pour la première fois la même année, et s’installe à Bora-Bora en 1820.

Le 12 mai 1820, Tamatoa III, chef de Raiatea, met en place un code d’obédience missionnaire composé de 25 articles qui s’inspirent du code de Tahiti (le code Pomare) et prévoient les modes d’applications de la justice. La même année, le chef Mai introduit ce code des lois à Bora-Bora et l’étend à Maupiti. En 1822, l’église de Bora-Bora est inaugurée à Vaitape, sur le district de Nunue.

À la fin des années 1820, une grande partie de la population de Bora-Bora adhère au mouvement Mamaia. Ce mouvement millénariste, né sur l’île de Raiatea, fusionne les anciennes croyances et la nouvelle religion et remet en cause l’autorité des missionnaires. Lorsqu’en 1826, les principaux dirigeants de ce mouvement sont bannis de Raiatea, l’hérésie se propage dans toutes les îles Sous-le-Vent, dont Bora-Bora. La secte Mamaia gagne une telle influence sur Tahaa et Bora-Bora qu'en 18308 les deux îles s’allient pour s’engager dans une guerre contre Raiatea et Huahine, restées fidèles aux missionnaires. Tapoa II, chef de file de l’alliance et grand chef de Tahaa est cependant vaincu, et son épouse, Pomare IV, reine de Tahiti, se sépare de lui en 18319. Il s’installe alors à Bora-Bora comme grand chef de l’île, à la demande des clans Mai et Tafaaora. Tapoa II reste cependant en bon termes avec Pomare IV, son ex-épouse, et en 184110, il adopte l'une de ses filles, Teriimaevarua, qu'il désigne comme héritière.

Lorsqu’en 1842, le royaume de Tahiti est placé sous le protectorat de la France, Bora-Bora n’est pas concernée, et l’île ne subit pas non plus les troubles qui suivront. Cependant, Bora-Bora profite des retombées de l’affaire Pritchard, puisque, pour mettre fin à la querelle franco-britannique, Louis Philipperatifie la Convention de Jarnac du 19 juin 1847, qui reconnait l’indépendance des îles Sous-le-Vent, dont Bora-Bora11. Les deux grandes puissances coloniales s’engagent à ne pas prendre possession de ces îles, ni même à les placer sous protectorat. C’est donc sur une île indépendante que Tapoa II règne jusqu’à sa mort en 1860.

Le 30 juillet 1860, sa fille adoptive Teriimaevarua I, est couronnée reine de Bora-Bora par le révérend Platt. Elle règne sur l’île jusqu’en 1873. Teriimaevarua n’ayant pas d’enfant, la couronne passe ensuite à sa nièce, Teriimaevarua II, fille de Tamatoa V, roi de Raiatea et petite-fille de Pomare IV. Le 9 janvier 1884, elle épouse le prince Hinoi, également petit-fils de Pomare IV.